REITORIA :
Pró-Reitoria de Graduação (PR1) -> Coordenação dos cursos de graduação, supervisão e controle de sua execução pelos centros e unidades universitárias.
Pró-Reitoria de Pós-graduação e Pesquisa (PR2) -> Formulação, coordenação e supervisão das normas para o funcionamento dos cursos de pós-graduação, bem como as normas para avaliação e registro das atividades de pesquisa.
Pró-Reitoria de Planejamento, Desenvolvimento e Finanças (PR3) -> Elaboração de normas e critérios para o planejamento estratégico, físico, financeiro e orçamentário da universidade; coordenação, acompanhamento e controle das atividades de planejamento de todas as unidades, centros, órgãos e serviços da universidade.
Pró-Reitoria de Pessoal (PR4) -> Elaboração de normas e planos referentes ao desenvolvimento e qualificação de pessoal.
Pró-Reitoria de Extensão (PR5) -> Coordenação de programas e projetos de extensão, supervisão e controle de sua execução pelos centros e unidades universitárias; planejamento e supervisão do programa de atividades culturais, desportivas, recreativas e extra-curriculares no âmbito da extensão.
Pró-Reitoria de Gestão e Governança(PR6) -> Responsável pelos processos administrativos relativos a: materiais e serviços, licitações, contratos, serviços gráficos, documentação e gestão de informações, gestão patrimonial, tecnologia da informação e comunicação.
Prefeitura Universitária (PU) -> Gerência da segurança das áreas físicas comuns dos campi universitários, do controle do sistema viário, da manutenção e conservação das vias e equipamentos públicos.
Escritório Técnico da Universidade (ETU) -> Elaboração de planos e projetos de engenharia e arquitetura relativos à construção, reforma e conservação dos prédios da UFRJ. Aprovação de planos e projetos de engenharia e arquitetura relativos à construção, reforma, restauração e conservação dos prédios da universidade desenvolvido por terceiros. Fiscalização e gerenciamento de construções, reformas, modificaç~es de uso
CENTROS UNIVERSITÁRIOS :
Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza (CCMN)
Centro de Letras e Artes (CLA)
Centro de Filosofia e Ciências Humanas (CFCH)
Centro de Ciências Jurídicas e Econômicas (CCJE)
Centro de Ciências da Saúde (CCS)
Centro de Tecnologia (CT)
Fórum de Ciência e Cultura (FCC)
Procuradoria Federal - UFRJ -> É órgão de execução da Advocacia-Geral da União (AGU), e tem por função prestar consultoria e assessoria jurídica à UFRJ.
Auditoria Interna (AUDINT) -> Atua como órgão de assessoramento do reitor e é responsável pelo controle interno e avaliação das operações contábeis, financeiras e administrativas, executadas pelos diversos organismos da instituição.